Theo hướng dẫn tại Thông tư số 151/2010/TT-BTC ngày 27/9/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn về các loại thuế và các khoản nộp ngân sách nhà nước đối với Quỹ phát triển đất, nếu Quỹ này có chênh lệch thu lớn hơn chi từ hoạt động thực hiện các nhiệm vụ quy định tại khoản 1 Điều 34 Nghị định số 69/2009/NĐ-CP và khoản 1 Điều 11 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ phát triển đất thì không phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

Thu nhập từ các hoạt động khác thực hiện nộp thuế TNDN theo thuế suất 25%. Trường hợp Quỹ phát triển đất có thu nhập từ các hoạt động chịu thuế TNDN mà Quỹ hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể: 5% đối với dịch vụ, 1% đối với kinh doanh hàng hóa và 2% đối với các hoạt động khác.

Các hoạt động ứng vốn và hỗ trợ do Quỹ phát triển đất cung cấp theo quy định tại khoản 1 Điều 34 Nghị định số 69/2009/NĐ-CP và khoản 1 Điều 11 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ phát triển đất thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT).

Trường hợp UBND cấp tỉnh quyết định ủy thác cho Quỹ phát triển đất hoặc quỹ tài chính khác của địa phương quản lý Quỹ phát triển đất hoặc Quỹ phát triển đất được nhận ủy thác quản lý, sử dụng vốn từ các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước thì phí dịch vụ ủy thác/nhận ủy thác (trừ phí dịch vụ ủy thác/nhận ủy thác cho vay) thuộc đối tượng chịu thuế GTGT. Quỹ phát triển đất cung cấp các dịch vụ khác hoặc có mua sắm, nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ thuộc diện chịu thuế GTGT phục vụ cho hoạt động của Quỹ thực hiện nộp thuế GTGT theo quy định hiện hành.

Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký.